中国接受这个挑战，明年（一六八六），宁古塔军区副司令（副都统）萨布素，再围雅克萨城。除用巨炮轰击外，并且使用从台湾调来参战的藤牌兵团攀城。图尔布青战死，守军只剩下一百余人，陷落就在旦夕。就在这时候，中国军队奉到停止攻击的命令。因为中俄两国外交人员正在北京接触，俄国要求先行停火，玄烨大帝允许。
一六八九年，中国代表团团长钦差大臣索额图，俄国全权公使陆军上将费要多罗，在尼布楚谈判，双方都戒备森严，双方的态度也都非常强硬，而中国代表更甚。索额图有两次在大怒下拍桌子而去，要下令担任警卫的边防军攻城，俄国代表终于采取妥协态度，遂签订下列的《尼布楚条约》：
一、外兴安岭之南属中国，之北属俄国。
二、额尔古纳河之东属中国，之西属俄国。
这是一个重要的条约，使中、俄得到和解，为中、俄两国带来
一百七十年的和平，跟十一世纪中国与辽帝国澶州和解带来一百一十四年的和平同样重要。俄国对遥远的东方固然力不从心，而中国如果长期从事于东北荒凉寒冷地区的战争，也将精疲力尽。
中国习惯于把所有的外国都当作藩属，因为事实是这样。《尼布楚条约》是中国第一次以平等地位跟外国签订的条约，但获得的利益却十分巨大。当时中国的力量，事实上只能到黑龙江北岸，还伸展不到外兴安岭和鄂霍次克海。俄国向南侵略，是由冰雪荒原，进入流奶与蛮之地，永不会自动停止。而中国不然，汉人那时仍以辽东半岛为主要范围，有耕种不完的肥沃土壤，满洲人则争先恐后入关去当中国的主人，没有人傻到从流奶与蜜之地，投身到冰雪荒原。这可从对它焚毁而退，俄国人却把它当作宝贝，建了又建。所以，《尼布楚条约》对俄国是一种阻堵，对中国是一种保卫。
十三塞北疆土的开拓——内蒙古
蒙古只有一个，本没有内外。因为跟中国合并的时间有先后，遂被分割。先跟中国合并的南半部称内蒙古，后跟中国合并的北半部称外蒙古。
蒙古人于十四世纪被中国明政府逐出长城后，一直不停地内战。虽然达延汗于十六世纪一度予以统一，但他的后裔又分为四部，那就是：察哈尔部、鄂尔多斯部、土默特部、喀尔略部。不过这只是指达延汗的血亲后裔，另外还有两个相当大的部落，跟这四个部落同时并存的，一是住在东北北部嫩江流域的科尔沁部，一是住在东北西部西辽河流域的喀喇沁部。这六大部落中，喀尔喀部的人口最多，察哈尔部的力量最强。
本世纪（十七）初叶，察哈尔部的林丹汗，雄心勃勃地想效法他的祖先达延汗，创立蒙古再统一的伟大事业。一六一九年，他致函刚成立不久的后金汗国可汗努尔哈赤，信上开头就说：“统兵四十万蒙古国可汗，问候水畔三万人大金国可汗努尔哈赤。”努尔哈赤看了大感沮丧。但林丹汗的才干跟他的雄心不能配合，他对内完全采取高压政策，以致引起反感。二十年代时，嫩江流域的科尔沁部，首先脱离林丹汗的统治，于一六二四年跟后金汗国结盟。明年（一六二五）林丹汗向科尔沁部进攻，努尔哈赤亲自统率精兵赴救。林丹汗不敢作战，自行撤退。这一次虎头蛇尾的军事行动，促使科尔沁部感激后金汗国不止，作更彻底的归附。
三年后（一六二八），西辽河流域的喀喇沁部，不堪压迫，也叛高林丹汗，投降后金。四年后（一六三二），后金汗国第二任可汗皇太极，跟投降过去的蒙古部落，组织西征联军，对察哈尔部发动总攻，林丹汗大败，向西逃亡。土默特部和鄂尔多斯部，先后向后金投降。林丹汗逃到距青海湖尚有十天行程的大草原上病死，他的残部在青海一带仍支持三年。到一六三五年，终于也向后金屈服。
满洲人把上述的这些被征服的蒙古部落和土地——塞北全境，称为内蒙古。把漠北还没有合并的喀尔喀部称为外蒙古。后来满洲人入主中国，这种称谓和区分，一直保留下来。
清政府对蒙古人跟汉人不同，有下列的两大特点：
其一取消蒙古固有的部落制度，改为盟旗制度，限制迁移，以便予控制。盟旗的行政系统，如下表显示：
盟旗制度完全仿效满洲人的八旗制度，满族八旗：正黄旗、正白旗、正红旗、正蓝旗、镶黄旗、镶白旗、镶红旗、镶蓝旗（镶旗是：黄白蓝三旗镶红边，红旗镶白边）。这是努尔哈赤创立的图腾结构，所以满洲人没有地的籍贯，只有旗的籍贯，是一种全民皆兵的新户籍制度，全体满洲人是一个大奴隶集团，被划分为八份，人民受到层层节制，不能离旗独立。自入关后，原意渐失，演变成为一种单纯的军事制度。但同类型的蒙占盟旗制度，却一直保存到二十世纪，仍然存在。盟旗制度的特点就是八旗制度的特点，蒙古人被纳入组织后，局限在一块狭小的地区，不能选择居住地和牧场。旗跟旗之间也不能有横的来往，连流动于各盟旗间的小
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